Avaliar a qualidade de produtos farmacêuticos é importante pois assegura sua eficácia e segurança. Segundo a RDC 301/2019 da ANVISA, o controle de qualidade é a parte das Boas Práticas de Fabricação (BPF) referente à coleta de amostras, às especificações e à execução de testes, bem como à organização, à documentação e aos procedimentos de liberação que asseguram que os testes relevantes e necessários sejam executados, e que os materiais não sejam liberados para uso até que a sua qualidade tenha sido considerada satisfatória. Os ensaios de qualidade aplicados têm por objetivo avaliar as características físicas, químicas e microbiológicas, seja das matérias-primas, embalagens, produtos em processo ou produtos acabados.
A verificação da qualidade inicia, portanto, com o controle de qualidade de matérias-primas que, de acordo com a RDC 301/2019, compreende qualquer substância utilizada na produção de medicamentos, excluindo os materiais de embalagem. Vale destacar que a origem das matérias-primas é diversa. Os insumos farmacêuticos ativos (IFAs) e os excipientes farmacêuticos, sintéticos ou naturais, em sua maioria, são adquiridos do comércio após produção pela indústria química; a produção de insumos biofarmacêuticos é de responsabilidade da indústria biofarmacêutica. A única matéria-prima produzida pela própria indústria ou farmácia de manipulação é a água de uso farmacêutico, geralmente a partir da água potável e por diferentes operações sequenciais, que envolvem um rigoroso controle de qualidade específico para este processo.

Assim, a etapa inicial do controle de qualidade de matérias-primas farmacêuticas é a qualificação dos fornecedores, sendo que a aquisição das matérias-primas constitui fator decisivo na manutenção da garantia da qualidade dos produtos finais e constitui-se um requisito das BPF. A qualificação de fornecedores tem por objetivos principais garantir a qualidade dos insumos adquiridos, conforme suas especificações; monitorar o desempenho do estabelecimento; selecionar e manter no quadro de fornecimento os melhores distribuidores e atender à legislação vigente. Todos os fabricantes de medicamentos devem possuir um cadastro de fornecedores qualificados, sendo no mínimo três para cada matéria-prima.
Um fornecedor (ou fabricante) passa a ser considerado para fornecer uma matéria-prima quando apresenta comprovação de regularidade perante às autoridades sanitárias competentes, ou seja, após checar se o estabelecimento tem todas as autorizações necessárias para funcionamento. A avaliação do fornecedor é, então, realizada na etapa analítica de avaliação da matéria-prima pelo setor de Controle de Qualidade (CQ) e comparação com os dados dos laudos analíticos apresentados pelo fornecedor em questão. Destaca-se que essa avaliação não é única, sendo ainda realizadas auditorias e avaliação do histórico de fornecimento. As auditorias referem-se à verificação do cumprimento das normas gerais de BPF, instalações e condições de trabalho/higiene, através de visita ao local. São fundamentadas em cheklists das BPF e tem seus critérios avaliados em item imprescindível, necessário ou recomendável. É importante destacar que o fabricante de medicamentos não tem poder de polícia como no caso de auditorias sanitárias; as auditorias em questão tem por finalidade a manutenção ou não do fornecedor cadastrado. Já a avaliação do histórico de fornecimentos anteriores passa a ser  realizada após um ano (revisão anual).

Toda matéria-prima deve vir acompanhada de um certificado (laudo) de análise contendo dados de identificação, como nome popular, científico e parte utilizada no caso de matérias-primas vegetais, e denominação comum brasileira (DCB) ou denominação comum internacional (DCI) ou número CAS (Chemical Abstracts Service) para outros insumos. O laudo ainda deve conter os requisitos qualitativos e quantitativos, com seus respectivos limites de aceitação; orientações de amostragem, ensaios de qualidade, metodologias e referências; condições de armazenagem; e periodicidade para confirmação das especificações, quando necessário. Tais informações devem ser conferidas durante a inspeção de recebimento.
O ato de recebimento da matéria-prima deve ser inspecionado e registrado, a fim de facilitar a rastreabilidade ao longo de todo o processo. Só então, a mesma é encaminhada ao setor de CQ. Durante essa etapa analítica, a matéria-prima encontra-se em quarentena e só pode ser utilizada depois de receber o status de aprovada pelo setor de CQ. As matérias-primas reprovadas são devolvidas ao fornecedor.
Mesmo com o laudo de análise do fornecedor, a matéria-prima deve ser analisada pelo setor de CQ para evitar desvios de qualidade no produto final, até mesmo porque o armazenamento e o transporte podem comprometer a qualidade da mesma. As especificações qualitativas e quantitativas a serem verificadas são encontradas nas farmacopeias e literaturas oficiais, sempre dando preferência à Farmacopeia Brasileira. Quando a matéria-prima não consta nas farmacopeias, como em casos de proteção patentária, o fabricante é quem informa os requisitos analíticos e técnicas de análise para avaliação da qualidade.

Segundo o ICH (Conselho Internacional para Harmonização de Requisitos Técnicos para Medicamentos de Uso Humano), uma especificação é definida como uma lista de testes, faz referência a procedimentos analíticos e critérios de aceitação apropriados, que são limites numéricos, intervalos ou outros critérios para os testes descritos. Ela estabelece o conjunto de critérios com os quais a matéria-prima deve estar em conformidade para ser considerado aceitável para o uso pretendido. "Conformidade com as especificações" significa que a matéria-prima, quando testada de acordo com os procedimentos analíticos listados, atenderão aos critérios de aceitação listados. As especificações são padrões de qualidade fundamentais propostos e justificados pelo fabricante e aprovados pelas autoridades regulatórias como condições de aprovação. É importante destacar que a indústria farmacêutica avalia todas as especificações, enquanto as farmácias de manipulação avaliam os parâmetros mínimos de qualidade, segundo a RDC 67/2007. Somente em circunstâncias específicas determinadas pela RDC 301/2019, podem ser utilizados resultados parciais ou totais do fabricante de matéria-prima aprovado, realizando minimamente teste de identificação para cada lote.
Alguns testes e critérios são encontrados em quase todas as monografias de matérias-primas farmacêuticas. O mais comum dos testes é a descrição de substância, uma declaração qualitativa das características do insumo, como estado físico, solubilidade, cor e odor.
Os testes de identificação são aqueles capazes de discriminar entre compostos e estruturas relativamente próximas, que confirmem a identidade da matéria-prima. Esses devem ser apresentados na monografia.
Os ensaios de pureza são ensaios seletivos, qualitativos, quantitativos ou semi-quantitativos (ensaios limite) para determinação de impurezas inorgânicas, orgânicas e/ou resíduos de solventes na matéria-prima. Nesse contexto, são comuns os ensaios de determinação de magnésio e metais alcalinos, arsênio, cloretos, ferro, metais pesados, sulfatos, perda por dessecação e resíduo por incineração, acompanhados de seus limites permitidos.
A determinação do teor, ou seja, da quantidade de insumo de interesse na matéria-prima, é realizada através de ensaios de doseamento e geralmente expressos em termos porcentuais. Cada matéria-prima tem um ou mais métodos analíticos validados para essa função e bem descritos em suas respectivas monografias.Testes e critérios específicos deverão ser incluídos na especificação quando estes forem necessários para garantir a qualidade da matéria-prima.

Os testes de segurança biológica são imprescindíveis para garantir a qualidade de uma matéria-prima. A garantia da qualidade e o controle de fabricação de produtos farmacêuticos previstos nas BPF devem garantir que estes cumpram as especificações determinadas, isto é, que atendam, além de outros parâmetros, aos limites aceitáveis para micro-organismos. A contaminação microbiana de um produto pode acarretar alterações em suas propriedades físicas e químicas e ainda caracteriza risco de infecção e toxi-infecção para o usuário. Assim, matérias-primas que não têm como requerimento serem estéreis devem estar sujeitas ao controle de contaminação microbiana.
A garantia de qualidade e os controles de produção devem ser tais que os micro-organismos capazes de proliferar e contaminar o produto estejam dentro dos limites especificados. Para a realização do teste devem ser considerados os limites microbianos aceitáveis e o tipo de contaminação mais provável para cada tipo de matéria-prima. Portanto, a natureza e a frequência do teste variam de acordo com a matéria-prima, sendo que aquelas de origem vegetal, mineral e/ou animal, e aquelas com elevado teor de água, devem ser testadas rotineiramente. Para as matérias-primas sintéticas, a frequência do teste pode ser estabelecida com base em dados históricos dos testes de monitoramento microbiológico tanto o ambiental quanto o de equipamentos. Parâmetros como baixa quantidade de água e adição de conservantes devem ser considerados no estabelecimento de uma frequência mínima para realização dos ensaios microbiológicos.
Os ensaios farmacopeicos mais comuns para avaliação da qualidade microbiológica de matérias-primas são a contagem do número total de micro-organismos mesofílicos e a pesquisa de micro-organismos patogênicos, sendo requisito que se cumpra o teste.