Muitas enzimas têm nomes comuns que lhes foram designados assim que descobertas. Os pesquisadores da época adotaram o sufixo -ase logo após uma descrição do tipo de reação catalisada, como por exemplo as desidrogenases, que são enzimas que removem átomos de hidrogênio. Com o avanço na área enzimática, surgiu a necessidade de um sistema de nomenclatura inequívoco, que foi criado pela International Union of Biochemistry. Apesar de muitas vezes os nomes comuns ainda serem utilizados, todas as enzimas têm um nome formal e um número EC (do inglês enzyme commission) que identificam o tipo da reação catalisada e os substratos envolvidos. Nesse sistema, as enzimas são agrupadas em seis classes: oxidorredutases, que catalisam oxidações e reduções; transferases, que catalisam a transferência de grupos entre moléculas; hidrolases, que catalisam a clivagem hidrolítica de ligações covalentes; liases, que catalisam a clivagem de ligações covalentes por eliminação de átomo, gerando duplas ligações; isomerases, que catalisam alterações geométricas ou estruturais dentro de uma molécula; e por fim, as ligases, que catalisam a ligação de moléculas nas reações acopladas à hidrólise do ATP.
Muitas enzimas necessitam de estruturas não proteicas para exercerem atividade catalítica, denominadas cofatores, coenzimas e grupamentos prostéticos. Os cofatores geralmente são íons metálicos e, quando moléculas orgânicas ou metalorgânicas, dá-se o nome de coenzima. As coenzimas também agem como transportadores de substrato dentro da célula e a maioria delas é derivada de vitaminas, sendo de extrema importância sua presença na dieta. Ambos cofator e coenzima ligam-se de forma reversível e transitória à enzima, o que os diferem do grupamento prostético. Estes estão firmemente integrados na estrutura de uma enzima, sendo os íons metálicos os mais comuns. Uma enzima completa cataliticamente ativa é denominada holoenzima e sua parte proteica, apoproteína.
De forma simplificada, as enzimas aumentam a velocidade das reações ao proporcionar um ambiente específico para que tal reação ocorra. O sítio ativo da enzima, nome dado à porção na qual o substrato se liga, atua como sítio de reconhecimento e coloca os substratos de forma que facilite sua transformação em produtos. O complexo enzima-substrato, divulgado por Fisher como “modelo chave e fechadura”, é fundamental para a ação enzimática e será aqui referido como complexo ES. É importante destacar que a ligação de substratos em enzimas induz alterações conformacionais, chamado modelo de ajuste induzido.
As taxas das reações químicas são significativamente melhoradas pelas enzimas através do emprego de múltiplos mecanismos. É possível identificar principalmente a catálise por proximidade, acidobásica, por tensão, covalente e por íons metálicos.
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